Voor het uitvoeren van werkzaamheden zoals het aanleggen van infrastructuur of het realiseren van woningbouw enzovoort, geldt dat ook hierop de Flora- en Faunawet van toepassing is.

Wet op de ruimtelijke ordening en bestemmingsplannen

Bij een vergunningaanvraag op basis van de Wet op de Ruimtelijke Ordening of een voornemen een bestemmingsplan te wijzigen en/of als lagere overheden plannen hebben of plannen van derden ondersteunen, die ingrijpen op een beschermde soort en/of zijn habitat, moet een ontheffing op grond van de Flora- en Faunawet aangevraagd worden. 

Voor dergelijke projecten moet het beschermingsregime uit (artikel 6 lid 3 en 4) de Europese Habitatrichtlijn toegepast worden. Dit houdt in dat beoordeeld moet worden, wat de kans op het optreden van significante effecten op beschermde planten en dieren en hun habitat is. Dit geldt ook als deze soorten in de invloedssfeer van een project- of een plangebied aanwezig zijn. In de EU-Habitatrichtlijn worden verder eisen gesteld aan de inhoud van de effectenbeoordeling. 

Bovendien stelt deze richtlijn dat er alternatieven voor de geplande activiteit of het project gezocht moeten worden (die eveneens getoetst moeten worden).

Tijdens de uitwerking of de ontwerpfase van de plannen moeten de volgende zaken in kaart gebracht worden: 

	De soorten beschermde planten en dieren die in en in de nabijheid van het plangebied voorkomen;
	de mogelijkheid dat het plan of het uitvoeren van de activiteiten tot handelingen leiden die in strijd zijn met de verbodsbepalingen uit de Flora- en Faunawet;
	in hoeverre het plan of de werkzaamheden aangepast kunnen worden, waardoor de betreffende handelingen van minder invloed zijn;
	of er een ontheffing ex. artikel 75 van de Flora- en Faunawet vereist is.

Vergunning artikel 8.8 Wet milieubeheer

Als men handelingen wil gaan uitvoeren waarvoor een vergunning op basis van artikel 8.8 van de Wet milieubeheer aangevraagd moet worden, moet vooraf bekeken worden of de betreffende handeling een verstoring van, door de Flora- en Faunawet beschermde, dier- en plantensoorten tot gevolg zou kunnen hebben. De uitkomsten van deze studie zijn medebepalend bij de besluitvorming over de vergunningaanvraag.

Beoordeling aanvragen met betrekking tot ontheffing van verbodsbepalingen

Bij het beoordelen van ontheffingsaanvragen wordt onderscheid gemaakt in vier categorieën soorten, namelijk:

1. soorten die op bijlage IV van de EU-Habitatrichtlijn voorkomen of die bij Algemene Maatregel van Bestuur op basis van artikel 75 lid 5 aangewezen zijn als bedreigde beschermde soort,

2. soorten die niet via de hiervoor genoemde richtlijn en wetgeving beschermd zijn, met uitzondering van beschermde inheemse vogels, 

3. beschermde inheemse vogels, 

4. meer algemene soorten.

Voor de beoordeling van werkzaamheden en handelingen die in strijd zijn met de verbodsbepalingen uit de wet is vooral de eerste categorie soorten belangrijk; deze is het meest bedreigd en daarom het strengst beschermd. Ten aanzien van deze categorie zijn er drie toetsingscriteria, namelijk:

	geen andere bevredigende oplossing én;
	dwingende redenen van groot openbaar belang én;
	gunstige staat van instandhouding/compensatie.

Bij het opstellen van een plan of een plan van aanpak, ten behoeve van een project van groot openbaar belang, moet eerst in kaart gebracht worden wat de effecten van de werkzaamheden op beschermde inheemse planten en dieren kunnen zijn. Verder moet in dat stadium van de planvorming geďnventariseerd worden welke alternatieven er zijn, wat de consequenties van de alternatieven zijn en wat de mogelijkheden zijn van relevante mitigerende (verzachtende) en compenserende maatregelen. Projecten en plannen die het hele proces van de ruimtelijke ordening al doorlopen hebben zonder dat (vooraf) rekening gehouden is met beschermde flora en fauna, komen in de meeste gevallen niet in aanmerking voor een ontheffing. 

In andere gevallen lopen deze projecten grote vertraging op omdat alsnog belangrijke aanpassingen gedaan moeten worden. 

Verder moet dan ook nog een onderzoek naar alternatieven uitgevoerd worden en moet er een plan van aanpak voor mitigerende en compenserende maatregelen opgesteld worden.