De term macrofauna staat voor kleine ongewervelde dieren die nog met het 'blote' oog te zien zijn: de zogenaamde macro invertebraten. Aquatisch macrofaunaonderzoek wordt met name uitgevoerd ter bepaling van de waterkwaliteit: dit wordt bepaald aan de hand van de soortensamenstelling en aantallen macro-invertebraten in een watermonster. Voor de methodiek hanteert NWCadvies het Handboek Hydrobiologie van STOWA (Stichting Toegepast Onderzoek Waterbeheer) (STOWA). Dit onderzoek kan onder andere uitgevoerd worden in het kader van de Europese Kaderrichtlijn Water (KRW).

Naast waterkwaliteitsonderzoek voert NWCadvies ook soortgerichte inventarisaties in het kader  van de natuurwetgeving uit, bijvoorbeeld naar de strikt beschermde Platte schijfhoren (een waterslak die vermeld staat op bijlage IV van de Habitatrichtlijn).